密碼子適應(yīng)指數(shù)（CAI）是指編碼區(qū)同義密碼子與最佳密碼子使用頻率的相符程度，取值在0~1之間。CAI可以用來(lái)評(píng)估外源基因在宿主內(nèi)的表達(dá)水平，CAI越高，則外源基因在宿主內(nèi)的表達(dá)水平越高。
密碼子適應(yīng)指數(shù)分析工具的工作原理為：以高表達(dá)基因的序列為參考（參考序列），評(píng)估目的基因與參考序列的密碼子使用頻率相符程度。
如果分析得到的CAI很低，則基因在宿主細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)水平低，需要對(duì)目標(biāo)序列進(jìn)行密碼子優(yōu)化。