稀有密碼子：遺傳密碼子有64種，但是絕大多數(shù)生物使用密碼子具有偏好性，傾向于利用這些密碼子中的一部分。被最頻繁利用的稱為佳密碼子，那些不被經(jīng)常利用的稱為稀有密碼子。
稀有密碼子的使用頻率是影響重組表達(dá)水平的一個(gè)重要因素，利用稀有密碼子計(jì)算工具可以計(jì)算出目標(biāo)序列的密碼子使用頻率，并且顯示密碼子使用頻率的分布情況。根據(jù)分析結(jié)果對(duì)序列進(jìn)行優(yōu)化，可以有效提高重組蛋白的表達(dá)水平。在進(jìn)行重組蛋白表達(dá)前，了解序列中稀有密碼子的使用頻率、分布情況并對(duì)序列進(jìn)行優(yōu)化是十分重要的。
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分析結(jié)果以圖表形式展現(xiàn)，結(jié)果中密碼子得分越高，表示序列中該密碼子使用頻率越高；得分越低表示該密碼子的使用頻率越低。該稀有密碼子分析工具同時(shí)也會(huì)對(duì)序列在宿主細(xì)胞的密碼子適應(yīng)指數(shù)進(jìn)行分析，并將結(jié)果展示在圖表下方。