研究表明，密碼子偏愛性是影響重組蛋白表達(dá)的一個(gè)重要因素。進(jìn)行重組表達(dá)前，計(jì)算得到序列的密碼子使用頻率，了解該序列中某氨基酸所偏好的同義密碼子是十分必要的。在得到密碼子使用頻率后，通過與表達(dá)宿主的密碼子使用頻率表進(jìn)行對比，可得到密碼子適應(yīng)指數(shù)（CAI）。
同義密碼子：遺傳信息在由mRNA到蛋白質(zhì)的傳遞過程中是以三聯(lián)體密碼子的形式傳遞的。每種氨基酸至少對應(yīng)一個(gè)密碼子，最多的有6種對應(yīng)的密碼子。編碼同一種氨基酸的密碼子稱為同義密碼子。
密碼子的偏好性(Codon Usage bias)：在蛋白質(zhì)的合成過程中，同義密碼子的使用概率并不相同。某一物種或某一基因通常傾向于使用一種或幾種特定的同義密碼子（例如人類基因中，丙氨酸密碼子多為GCA,GCC或GCT,而GCG很少使用），這種密碼子使用頻率存在差異的情況被稱為密碼子偏愛性。
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