重復(fù)序列過(guò)多，會(huì)增加基因合成的難度。利用該基因重復(fù)序列計(jì)算器，可以查找出序列中重復(fù)序列的位置，并計(jì)算出序列的退火溫度。
重復(fù)序列是指在基因組中不同位置出現(xiàn)的相同或?qū)ΨQ性片段。重復(fù)序列在基因組中廣泛存在，按照重復(fù)單元的排列方式，可將它分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列兩大類，串聯(lián)重復(fù)序列就是重復(fù)單元首位相連，串聯(lián)在一起的重復(fù)序列，串列重復(fù)序列在基因表達(dá)，調(diào)控和遺傳等方面起著十分重要的作用；散在重復(fù)序列是以散在方式分布在基因組中的序列，共有四類：長(zhǎng)散在重復(fù)、短散在重復(fù)、反轉(zhuǎn)錄病毒轉(zhuǎn)座子和轉(zhuǎn)座子。
大量實(shí)驗(yàn)證明，重復(fù)序列富含大量遺傳信息，是基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的組成部分。同時(shí)，重復(fù)序列可以通過(guò)染色體的異染色質(zhì)化而關(guān)閉基因表達(dá)，高等生物中很大比率的間隔序列和重復(fù)序列，往往呈異染色質(zhì)化，是不表達(dá)的；而編碼序列呈常染色質(zhì)化，是表達(dá)的。因此，在基因重組研究中進(jìn)行重復(fù)序列的分析是十分必要的。
其它常用序列分析工具：抗原決定簇預(yù)測(cè)(v1) 、GC含量計(jì)算 、多肽或蛋白序列屬性計(jì)算器