免疫沉淀（immunoprecipitation）是利用抗體抗原特異性結(jié)合的原理，從而使抗原（目標(biāo)蛋白）沉淀下來，達到初步純化分離的一種技術(shù)。
免疫共沉淀（co-immunoprecipitation）是基于抗原抗體的免疫反應(yīng)，體外檢測兩個分子間是否存在相互作用的一種技術(shù)。
免疫沉淀的目的是為了獲得（富集）抗原（目標(biāo)蛋白）；而免疫共沉淀的目的是為了篩選/驗證是否存在與目標(biāo)蛋白相互作用的另一種蛋白/分子。不難看出免疫沉淀與免疫共沉淀所用的原理和方法大體相同。所不同的是，在免疫共沉淀中對靶蛋白的結(jié)合沉淀由另一個與之發(fā)生相互作用的蛋白所替代。在免疫沉淀或免疫共沉淀的基礎(chǔ)上，通過進一步與其他技術(shù)的結(jié)合如SDS-PAGE/Western Blot進行檢測。

免疫沉淀與免疫共沉淀的比較

對比指標(biāo)	免疫沉淀	免疫共沉淀
作用原理
實驗?zāi)康?/td>	富集（初步分離）目標(biāo)蛋白	體外驗證/篩選與目標(biāo)蛋白存在相互作用的分子
應(yīng)用	用于抗原或抗體的定性檢測	用于檢測、確定生理條件下蛋白間相互作用

免疫沉淀與免疫共沉淀實驗中抗體的選擇

多克隆抗體制備簡單，它可與目標(biāo)蛋白的多個位點結(jié)合，形成的抗原抗體復(fù)合物較穩(wěn)定而應(yīng)用最為廣泛。同時，這也會造成較多的非特異性結(jié)合，從而導(dǎo)致本底反應(yīng)升高，背景升高，造成一定的假陽性。
與多克隆抗體相比，單克隆抗體只識別一種抗原表位，具有單一結(jié)合特異性，因此，非特異性結(jié)合機率少，可以用于測定目的蛋白上的特殊結(jié)構(gòu)，甚至可被用于區(qū)分相同靶蛋白的不同形式如構(gòu)象變化和修飾。但反過來，單克隆抗體僅與單一表位結(jié)合的特性也會引起具有同一表位的不同靶蛋白間的交叉反應(yīng)。
在免疫沉淀實驗中，較多使用多克隆抗體，其制備簡單快速經(jīng)濟，同時能夠更多的富集目的蛋白。