疏水性是指水不溶性分子在水溶液中具有排除其自身周圍的水分子而相互聚集在一起的一種現(xiàn)象或性質，以達到這些分子和水分子最小接觸程度這樣一種目的，從而降低水不溶性分子和水分子的相互作用，進而降低系統(tǒng)的能量，達到一種相對穩(wěn)定的狀態(tài)。
疏水性分析對于分析膜蛋白的跨膜區(qū)、球蛋白的二級結構、空間結構都具有重要的指導意義。疏水性利于蛋白質向內部折疊形成二級結構，進一步形成結構域，三級結構。同時疏水性還有利于蛋白形成α螺旋，保證其穩(wěn)定性。
其它常用序列分析工具：信號肽分析 、跨膜區(qū)預測 、抗原決定簇預測(v1)