跨膜區(qū)即蛋白質(zhì)序列中跨越細(xì)胞膜的區(qū)域，通常為α-螺旋結(jié)構(gòu)，約20~25個(gè)氨基酸殘基，構(gòu)成跨膜區(qū)蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸。
對(duì)序列進(jìn)行跨膜區(qū)預(yù)測(cè)是十分必要的。通常，膜蛋白不能在原核表達(dá)系統(tǒng)中表達(dá)，如果對(duì)序列進(jìn)行跨膜區(qū)預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)序列中存在跨膜區(qū)，則在后續(xù)需要選擇真核表達(dá)系統(tǒng)進(jìn)行表達(dá)；如果想利用原核表達(dá)系統(tǒng)進(jìn)行表達(dá)，需要對(duì)跨膜區(qū)序列進(jìn)行敲除。
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跨膜區(qū)預(yù)測(cè)結(jié)果中有三個(gè)值：Inside、Outside、Transmembrane。
Inside表示胞內(nèi)區(qū)，inside數(shù)值越大，表示該氨基酸位于胞內(nèi)區(qū)的可能性越大；
Outside表示胞外區(qū)，outside數(shù)值越大，表示該氨基酸位于胞外區(qū)的可能性越大。
Transmembrane表示跨膜區(qū)，Transmembrane數(shù)值越大，表示該氨基酸在跨膜區(qū)的可能性越大；
其它常用序列分析工具：信號(hào)肽分析 、疏水性分析工具 、基因重復(fù)序列計(jì)算器